Die Werse hat eine Länge von 66,6 km und besitzt ein Gesamteinzugsgebiet von 762 km2, das vollständig der Landschaftsregionen „nordrhein-westfälisches Tiefland“ bzw. „Westfälische Tieflandbucht“ angehört. Quell- und Oberlauf liegen in den Kreidekalken und Mergelsteinen der Beckumer Berge nordöstlich von Beckum. Der Abschnitt in Münster hat eine Fließlänge 22,1 km (Einzugsgebiet rund 287 qkm) mit Süd-Nord-Fließrichtung und wird den naturräumlichen Großeinheiten des Ostmünsterlandes bzw. Kernmünsterlandes zugeordnet. Die Werse gehört im Stadtgebiet von Münster dem Flusstyp des sandgeprägten Flusses des Tieflandes an. Als dominierender Abschnittstyp liegt an der Werse ein gewunden bis mäandrierendes Einzelbettgerinne vor. Die Gewässerbreite schwankt zwischen 10 und 40 m.